Bioinformatyka 420-IS1-3BIO
Profil studiów: ogólnoakademicki
Forma studiów: stacjonarne
Rodzaj przedmiotu: fakultatywny
Dziedzina i dyscyplina nauki: nauki ścisłe i przyrodnicze, informatyka
Rok studiów / semestr: 3 / 5
Wymagania wstępne (tzw. sekwencyjny system zajęć i egzaminów):
Przedmioty wprowadzające:
Podstawy programowania strukturalnego
Wstęp do programowania obiektowego
Programowanie zaawansowane
Bazy danych
Wykład: 15h Laboratorium: 30h
Metody dydaktyczne: Materiały dydaktyczne są opracowane w formacie slajdów pdf i prezentowane w trakcie wykładów. Instrukcje laboratoryjne są udostępniane studentom na każdych zajęciach. Przewidziane są także konsultacje.
Punkty ECTS: 4
Bilans nakładu pracy studenta:
Udział w zajęciach:
- wykład 15h
- laboratorium 30h
Przygotowanie do zajęć:
- wykład 0h
- laboratorium 10h
Zapoznanie z literaturą: 5h
Sprawozdania, raporty z zajęć, prace domowe: 25h
Przygotowanie do zaliczenia: 10h
Udział w konsultacjach: 5h
Wskaźniki ilościowe:
Nakład pracy studenta związany z zajęciami:
- wymagającymi bezpośredniego udziału nauczyciela: 50h, 2ECTS
- nakład pracy studenta, który nie wymaga bezpośredniego udziału nauczyciela: 50h, 2 ECTS
Rodzaj przedmiotu
Tryb prowadzenia przedmiotu
Wymagania (lista przedmiotów)
Założenia (lista przedmiotów)
Założenia (opisowo)
Koordynatorzy przedmiotu
Efekty kształcenia
Efekty kształcenia w ramach realizacji przedmiotu:
1. Zna podstawy wybranych języków bioinformatyki. KA6_WG4
2. Zna podstawowe zagadnienia i problemy bioinformatyki, a w szczególności wybrane algorytmy sztucznej inteligencji wykorzystywane do analizy danych medycznych i biologicznych. KA6_WG11
3. Potrafi programować w wybranych językach programowania stosowanych w bioinformatyce KA6_U01, KA6_UO2, KA6_UK3
4. Potrafi przeszukiwać genetyczne bazy danych, analizować proste problemy bioinformatyki i znajdować ich rozwiązanie, stosując
odpowiedni język programowania oraz korzystając z Internetu. KA6_U01, KA6_UK3
5. Umie zastosować i połączyć w jeden protokół dostępne narzędzia bioinformatyczne w celu opracowania wyników eksperymentalnych KA6_U01, KA6_UK3
6. Dostrzega korzyści i znaczenie dla społeczeństwa wynikające z zastosowania narzędzi informatycznych do rozwiązywania problemów z dziedziny biologii i medycyny. KA6_KO1, KA6_UU1
Kryteria oceniania
Ogólna forma zaliczenia: zaliczenie na ocenę
Zaliczenie przedmiotu wymaga spełnienia następujących warunków:
a) uzyskanie pozytywnej oceny z laboratorium (uzyskanie co najmniej 50% maksymalnej liczby punktów z sprawozdań);
b) uzyskanie co najmniej 50% maksymalnej liczby punktów z kolokwium pisemnego sprawdzającego znajomość materiału omawianego na wykładach.
Literatura
Literatura podstawowa:
Programowanie w języku R : analiza danych, obliczenia, symulacje / Marek Gągolewski., 2014
Python dla każdego : podstawy programowania. / Michael Dawson
Podstawy bioinformatyki / Jin Xiong, Warszawa : Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego, 2009.
Bioinformatyka i ewolucja molekularna / Paul G. Higgs, Teresa K. Attwood 2008
Literatura uzupełniająca:
Introductory Bioinformatics, Fourth Edition. Stefanie Hartmann, Joachim Selbig
Bioinformatics and Functional Genomics, Second Edition, Jonathan Pevsner.
Bioinformatics for Dummies, Second Edition, Jean-Michel Claverie and Cedric Notredame
http://pl.python.org/kursy,jezyka.html
http://www.r-project.org/
Więcej informacji
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: