Przedmiot do wyboru - Analiza danych NGS 320-BS2-2PDW71

Kierunek studiów: biologia
Poziom kształcenia: studia drugiego stopnia
Profil studiów: ogólnoakademicki
Rodzaj przedmiotu: fakultatywny, moduł specjalizacyjny
Dziedzina nauki: Dziedzina nauk ścisłych i przyrodniczych
Dyscyplina: nauki biologiczne
Dyscyplina: informatyka
Rok studiów/semestr: II rok / IV semestr (letni)

Liczba godzin zajęć dydaktycznych: wykład - 10 godz., laboratorium - 20 godz.
Metody dydaktyczne: wykład, pokaz, burza mózgów, konsultacje, metoda laboratoryjna

Punkty ECTS: 3,0

Bilans nakładu pracy studenta i wskaźniki ilościowe:
Całkowity nakład pracy studenta związany z zajęciami: 75 godz.
Nakład pracy studenta związany z zajęciami wymagającymi bezpośredniego udziału nauczyciela: 33,0 godz.
w tym:
1) udział w wykładach: 10,0 godz.
2) udział w zajęciach pozawykładowych: 20,0 godz.
3) udział w konsultacjach/zaliczeniach/egzaminach: 3,0 godz.

Praca własna studenta (przygotowanie się do zajęć/zaliczeń/egzaminów): 42,0 godz.

Celem kursu jest przybliżenie studentom metod oraz informacji na temat praktycznych sposobów poznania genomów, od tworzenia bibliotek do różnych typów eksperymentów (m.in. DNA-seq, RNA-seq, scRNA-seq), poprzez wybrane metody sekwencjonowania drugiej i trzeciej generacji, po kluczowe etapy ich analizy obejmujące składanie genomów i ich adnotację. Praktyczna część zajęć będzie obejmować pracę z danymi pochodzącymi z sekwencjonowania NGS. Bazując na wcześniej zdobytych umiejętnościach bioinformatycznych studenci przejdą przez główne kroki analiz obejmujące kontrolę jakości sekwencji, ich filtrowanie, mapowanie do genomu referencyjnego, identyfikację wariantów, adnotację strukturalną i funkcjonalną.