Przedmiot do wyboru - Bioinformatyka 320-BS2-2PDW09
Kierunek studiów: biologia
Poziom kształcenia: studia drugiego stopnia
Profil studiów: ogólnoakademicki
Forma studiów: stacjonarne
Rodzaj przedmiotu: przedmiot do wyboru, moduł specjalnościowy (biologia sądowa, mikrobiologia z biotechnologią, biologia środowiskowa)
Dziedzina nauki: Dziedzina nauk ścisłych i przyrodniczych
Dyscyplina: nauki biologiczne
Dyscyplina: informatyka
Rok studiów/semestr: II rok / III semestr (zimowy)
Liczba godzin zajęć dydaktycznych: laboratorium - 30 godz.
Metody dydaktyczne: wykład (wprowadzenie do wybranych zagadnień), burza mózgów, konsultacje, pokaz, metoda laboratoryjna, projekt
Punkty ECTS: 3
Bilans nakładu pracy studenta i wskaźniki ilościowe:
Całkowity nakład pracy studenta związany z zajęciami: 75 godz.
Nakład pracy studenta związany z zajęciami wymagającymi bezpośredniego udziału nauczyciela: 37,5 godz.
w tym:
1) udział w wykładach: 0 godz.
2) udział w zajęciach pozawykładowych: 30,0 godz.
3) udział w konsultacjach/zaliczeniach/egzaminach: 7,5 godz. (1,5 godz. udział w zaliczeniach, 6 godz. udział w konsultacjach związanych z pracą zdalną na serwerze i przygotowaniem skryptu formatującego cytacje pozycji literaturowych)
Praca własna studenta (przygotowanie się do zajęć/zaliczeń/egzaminów): 37,5 godz.
Laboratoria mają za zadanie zapoznanie studentów z praktycznymi podstawami pracy w systemie BioLinux, w szczególności z linią komend; podstawowymi typami plików oraz ich modyfikacją z wykorzystaniem wyrażeń regularnych; automatyzacją pracy poprzez stosowanie skryptów i pętli. Studenci poznają kolekcje baz danych z zakresu biologii molekularnej oraz podstawowe narzędzia do obróbki danych biologicznych, zwłaszcza sekwencji nukleotydowych. Studenci zapoznają się również z możliwościami platform dedykowanych zdalnej obróbce danych w wymagających obliczeniowo badaniach biomedycznych.
Rodzaj przedmiotu
Koordynatorzy przedmiotu
Efekty kształcenia
Wiedza:
1. Student zna i rozumie jedność i różnorodność organizmów z uwzględnieniem złożoności procesów i zjawisk przyrodniczych: KA7_WG1
2. Student zna i rozumie złożone procesy komórkowe na poziomie molekularnym i strukturalnym: KA7_WG2
Umiejętności:
3. Student potrafi dobierać adekwatną do postawionych celów metodę badawczą, interpretuje uzyskane wyniki oraz formułować wnioski na ich podstawie, jak i na podstawie danych z literatury: KA7_UW1
4. Student potrafi posługiwać się zaawansowanymi narzędziami statystycznymi i technikami informatycznymi, w tym multimedialnymi, w celu prezentacji wyników doświadczeń, analizy danych i opisu zjawisk: KA7_UW4
5. Student potrafi korzystając z różnych baz danych dobierać literaturę naukową polsko- i obcojęzyczną właściwie do postawionych zadań, uzyskane informacje syntetyzuje i poddaje krytycznej analizie: KA7_UW5
Kompetencje społeczne:
6. Student jest gotów do systematycznego zapoznawania się z najnowszymi osiągnięciami naukowymi w celu rozwiązywania problemów: KA7_KK1
Kryteria oceniania
Weryfikacja i ocena osiągniętych przez studenta efektów kształcenia następuje w ramach:
1. Bieżącej oceny pracy studentów podczas zajęć.
2. Bieżącej oceny pracy zdalnej studentów na udostępnionym serwerze
3. Oceny z kolokwium pisemnego.
4. Zaliczenie na ocenę pozytywną laboratorium na podstawie pozytywnych wyników aktywności wymienionych w pkt. 1-3.
W razie konieczności (wynikającej z sytuacji epidemicznej) kolokwium odbędzie się w formie zdalnej (w czasie rzeczywistym).
Dopuszczana jest jedna nieusprawiedliwiona nieobecność na zajęciach.
Kryteria oceny pisemnych prac zaliczeniowych zgodnie z kryteriami określonymi w §23 ust. 6 Regulaminu Studiów Uniwersytetu w Białymstoku przyjętego Uchwałą nr 2527 Senatu Uniwersytetu w Białymstoku z dnia 26 czerwca 2019 roku.
Literatura
Literatura podstawowa:
1. Haddock S.H.D., Dunn C.W. (2010) Practical computing for biologist, Oxford University Press.
2. Higgs P., Attwood T. (2008) Bioinformatyka i ewolucja molekularna, PWN.
3. Hall B. (2008) Łatwe drzewa filogenetyczne, Wyd. UW.
4. Gruca A. (2010) Bioinformatyczne bazy danych, Wyd. PJWSTK; https://repin.pjwstk.edu.pl/xmlui/bitstream/handle/186319/188/Bioinformatyczne_bazy_danych.pdf?sequence=3
Więcej informacji
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: