Wykład monograficzny - Metody analizy genomów 320-BS2-2WM08

Celem wykładu monograficznego pt. Metody analizy genomów jest przedstawienie anatomii genomów, zarówno prokariotycznych, eukariotycznych oraz organellarnych w kontekście ich ewolucji/nabycia ze zwróceniem szczególnej uwagi na właściwości bądź elementy, które mogą być analizowane - od właściwości fizycznych i technik barwienia po sekwencję i dostępność genomu oraz modyfikacje chromatyny. W kolejnej części wykładu studenci zapoznają się z przełomowymi technikami wykorzystanymi w latach 90-tych XX w. do zsekwencjonowania pierwszych genomów organizmów wielokomórkowych, w tym człowieka. W dalszej kolejności przedstawiane są metody analizy wielkości genomów oraz ich mapowania, zarówno genetycznego, jak i fizycznego (w tym optycznego). Do powyższych analiz z powodzeniem można wykorzystać również techniki sekwencjonowania II (przez syntezę) i III generacji (SMRT i w nanoporach), które są opisane wraz z kluczowymi etapami tworzenia bibliotek, technikami pochodnymi (10x Chromium) oraz wynikami uzyskanymi przez konsorcjum Telomere-to-Telomere (kompletny genom człowieka, 2022). Następnie wykład skupia się na przedstawieniu metod badania genomów na różnych poziomach jego organizacji: od architektury, interakcji i dostępności chromatyny, przez analizę wiązania czynników transkrypcyjnych, metylomu oraz transkryptomu. Kurs kończy tematyka ewolucji genomów, od licznych duplikacji całych genomów i ich konsekwencji po duplikacje pojedynczych genów oraz potencjalne losy paralogów - w kontekście genomiki porównawczej, m.in. analizy syntenii, badania trajektorii ewolucyjnych, identyfikacji genów kandydatów poparte licznymi przykładami z analiz genomów licznych, jak i unikalnych grup strunowców (śluzic, ryb dwudysznych, sfenodontów).

Kierunek studiów: biologia
Poziom kształcenia: studia drugiego stopnia, Profil studiów: ogólno-akademicki, Forma studiów: stacjonarne, Rodzaj przedmiotu:
przedmiot obowiązkowy, moduł specjalnościowy, Dziedzina nauki ścisłe i przyrodnicze, dyscyplina nauki biologiczne, Rok studiów II/
semestr IV: , Wymagania wstępne: Techniki molekularne w biologii, liczba godzin zajęć dydaktycznych z podziałem na formy prowadzenia zajęć: wykład – 15 godz.,
metody dydaktyczne: wykład,pokaz, ECTS: 1, bilans nakładu pracy studenta: Ogólny nakład pracy studenta: 25 godz. w
tym: udział w wykładach: 15 godz.;przygotowanie się do zajęć, zaliczeń, egzaminów: 8,1 godz.; udział w konsultacjach i zaliczeniach: 1,9
godz. , wskaźniki ilościowe:
Nakład pracy studenta związany z zajęciami wymagającymi bezpośredniego udziału nauczyciela: 16,9, ECTS: 0,7, o charakterze
praktycznym: 10 , ECTS: 0,4.